Au trecut doi ani de la raidul GCC asupra Anteiku. Deși atmosfera din Tokyo s-a schimbat radical datorită influenței crescute a GCC, ghoulii continuă să reprezinte o problemă, deoarece au început să fie precauți, în special organizația teroristă Aogiri, care recunoaște amenințarea crescândă a GCC la adresa existenței lor. Crearea unei echipe speciale, cunoscută sub numele de Quinx Squad, ar putea oferi GCC impulsul de care are nevoie pentru a extermina rezidenții nedoriți din Tokyo. În calitate de oameni care au suferit intervenții chirurgicale pentru a se putea folosi de abilitățile speciale ale ghoulilor, ei participă la operațiuni de eradicare a creaturilor periculoase. Liderul acestui grup, Haise Sasaki, este pe jumătate ghoul, pe jumătate om, și a fost antrenat de celebrul investigator de clasă specială, Kishou Arima. Cu toate acestea, acest tânăr este mai mult decât pare, deoarece memorii necunoscute îi zgârie mintea, amintindu-i încet de persoana care a fost.